Ihmisten toimista aiheutuva kuormitus sekä vesistöjen muokkaaminen vaikuttavat vesieliöiden luontaisiin elinolosuhteisiin. Tampereen kantakaupungin pienvesistä suurin osa on jollain tapaa ihmisen muokkaamia, ja esimerkiksi merkittävistä avouomista Vuohenojan ekologinen tila on arvioitu tyydyttäväksi ja Viinikanojan välttäväksi. Myös järvissä ja lammissa näkyy paikoin valuma-alueelta tulevan kuormituksen vaikutus.
Vesiensuojelun tavoitteena on muutosten estäminen ja aiheutuneiden haittojen korjaaminen niin pienvesissä kuin suuremmissakin vesistöissä. Esimerkiksi erilaisten kaupunkipienvesien kunnostaminen on tärkeää, koska avoimet uomat ja tulva-alueet tasaavat virtaamia sekä parantavat veden laatua ja eliöstön elinolosuhteita. Lisäksi suojavyöhykkeet vesistöjen rannoilla sekä pienvesien läheisyydessä luovat ja säilyttävät luonnon monimuotoisuutta ja pidättävät valumavesien ravinteita.